類稀な身体能力を持つ高校生・虎杖悠仁(いたどりゆうじ)は、病床に伏せる祖父の見舞いを日課にしていた。だがある日学校に眠る「呪物」の封印が解かれ、化物が現れてしまう。取り残された先輩を救う為、校舎へ乗り込む虎杖だが!?

少年院内に、突如呪胎が発生。取り残された人間を救助する為、虎杖ら高専1年が派遣された!　だが特級呪霊へ変態した呪胎に襲撃を受け、ピンチに陥る一行。虎杖は宿儺(すくな)と入れ替わり、呪霊を倒そうと試みるが……!?

伏黒と釘崎の前に現れた呪術高専京都校の東堂葵と禪院真依(ぜんいんまい)!　好きな女性のタイプを尋ねる東堂に対し、伏黒の出した答えは。一方、修業中の虎杖は実戦で鍛えるため、呪霊が起こした事件現場へと向かい…!?

呪いによる殺人事件を追う虎杖は、現場にいた順平と出会い、意気投合。だが順平は事件の犯人である呪霊・真人に心酔していた。真人はそんな順平を利用し、虎杖と戦わせようと画策。その術中に落ちる順平だが…。

京都姉妹校交流会が始まった。一日目の団体戦は区画内の2級呪霊を先に祓った側の勝利となるのだが、好戦的な東堂は東京側を即襲撃、虎杖が迎え撃つ形に。だが虎杖暗殺の為、他の京都組も参戦し、虎杖は窮地に!!

交流会に乗じ虎杖を狙う京都組。そこへ真人率いる呪霊と呪詛師が乱入する。生徒救出に向かう教師陣だが、敵の“帳”により分断され…!?　特級呪霊・花御に襲われた狗巻と伏黒は、危機を脱する事が出来るのか!?

特級呪霊・花御等の襲撃を退けた高専だが、宿儺の指と特級呪物「呪胎九相図」が奪われていた。九相図より受肉し誕生する新たな脅威――その危機を知らぬまま、虎杖達は“門に現れる呪霊”退治へと赴くが…!?

受肉した「呪胎九相図」の次男三男を撃破し、宿儺の指を回収した虎杖達。その成果を受け彼等を1級術師に推す声が上がる。裏で手を回す五条の思惑は…!?　――物語は、五条と夏油の高専2年時の事件へと遡る!!

五条と夏油に課せられた“星漿体”の護衛任務は、伏黒を名乗る“術師殺し”の奇襲で最悪の事態に陥る。五条達は全滅と思われたが…!?　五条を最強に至らしめ夏油を造反に導いた在りし日の事件、その結末とは――!?

動く肢体を得る為、呪霊側に通じていた“メカ丸”こと与幸吉(むたこうきち)…だが交渉は決裂し、真人との闘いを余儀なくされる。与は秘策で死地を脱しようとするが…!?　そして10月31日、街に帳が降り「渋谷事変」が始まる!!

渋谷駅地下ホームに満ちた一般人と改造人間達――。逃げ場のない惨烈な状況下で、五条はなお呪霊側を圧倒する。だが、敵の手には五条封印の決定打が…！！　地下ホームへ急ぐ虎杖の元に、意外な味方が現れるが！？

禪院甚爾の降霊が不測の事態に陥り、混迷を深めていく渋谷事変！！　地下ホームの夏油へと迫る冥冥、補助監督の甚大な被害に憤怒する七海――1級術師達が攻勢に出るなか、虎杖は九相図長男・脹相と会敵し…！？

恐るべき呪霊へと変貌を遂げた陀艮…！　その際限なき呪力の奔流が、直毘人・真希・七海へと襲い掛かる！！　一方、夏油を慕う呪詛師の一派は夏油の肉体を取り戻す為、最も忌むべき者を呼び起こそうとするが――！？

一時の自由を得た宿儺の暴虐な振る舞いで渋谷の街に甚大な被害がもたらされる中、呪詛師の不意打ちで致命傷を負った伏黒は、最後の手段に打って出る。伏黒が“調伏の儀”を始めた事に気付いた宿儺は――…！？

宿儺による大量殺人、七海建人の死…そして真人の手にかかり釘崎までも――！！　自らの罪の重さに虎杖の心が限界を超えたその時、親友の危機にあの男が駆け付ける。虎杖と真人、呪い合う両者の終着点とは…！？

真人を手中に収め、自らの計画の一端を語り出す夏油。渋谷事変の最終局面に呪術師達が集うなかで、脹相は夏油の亡骸に寄生する“黒幕”の正体に気付くが！？　事変の終焉が招く破滅と混沌、世界は急変する――…！！

処刑人の乙骨に敗れ、死に瀕した虎杖が思い出した在りし日の家族の光景――そこには加茂憲倫のかつての姿があった。呪術師達が殺し合う「死滅回游」平定に向け事態が動き出す中、真希は禪院家へと赴くが…！？

停学中の高専3年生・秤金次に「死滅回游」平定の協力を仰ぐ為、虎杖は秤が胴元の賭け試合に出場し直接交渉を試みる。伏黒も潜入し拠点へと向かうが、秤と行動を共にするもう一人の3年生の術式に阻害され！？

死滅回游に穴となる〈総則（ルール）〉を追加する為、100点（ポイント）を持つ泳者（プレイヤー）・日車寛見に狙いを定めた虎杖と伏黒。だが東京第1結界（コロニー）突入の際、二人は散り散りとなってしまう。それぞれ協力者を得て日車の元へ向かうが――！？